モニタリングコントロールパネルにおいて、仮想サーバーのCPU使用率（CPU Utilization）が、100%を超えることがあります。仕様ですか？

はい。仕様上、起こり得ます。
モニタリングメニューにおける仮想サーバーのCPU使用率（CPU Utilization）の最大値は、”100 percent x CPUのコア数”となります。(例：仮想サーバーインスタンスが16CPUの場合、値は 0 ～ 1600 percentの範囲となります。）
したがって、仮想サーバーのフレーバーによっては、CPU使用率（CPU Utilization）が100%を超えることがあります。

参考
サービス説明書 - モニタリング - データ収集・蓄積 - Virtual Server Instance

サービス説明書 - 仮想サーバー - プランリスト