ビジネスポータルでユーザを削除した際にECL2.0のユーザは削除されますか？

はい。ビジネスポータルでのユーザー削除後、ビジネスポータルと Enterprise Cloud 2.0 とのシステム同期のタイミングで、該当の Enterprise Cloud 2.0 ユーザーが削除されます。

参考：チュートリアル - ポータルのご利用方法 - ユーザーの管理方法 - ユーザーの削除手順