専用ハイパーバイザー（vSphereESXi）を持ち込みのライセンスで運用するvCenterServerに登録/管理することはできますか？

いいえ、できません。
Enterprise Cloud 2.0が提供している専用ハイパーバイザーvSphere ESXi並びにゲストイメージvCenterのライセンスと、お客さまが調達されたライセンスを混在させて利用することは認めておりません。

サービス説明書 - 専用ハイパーバイザー - vSphere ESXi - ご利用条件