バックアップからArcserveに乗り換える場合、バックアップのエージェントソフトウェアを事前にアンインストールしておく必要がありますか？

はい。一般的に、VSS など共通で利用している機能で競合が起きる可能性があるため、事前にバックアップのエージェントソフトウェアをアンインストールいただくことを推奨します。
参考：チュートリアル - バックアップ - クライアントの削除/エージェントアンインストール