登録済みスケジュールバックアップを、一時的に無効化することはできますか？

はい。下記手順に従って、バックアップのコントロールパネルの「Change Client Schedele Window」の設定において、「OnDemandOnly」を選択してください。

バックアップコントロールパネルトップ
> Workflow
> Manage Client
> Change Client Schedule Window
> Clientsで対象サーバーを選択
> Schedule periodでOnDemandOnlyを選択

参考：
チュートリアル - バックアップ - プランの設定方法