仮想サーバーを再起動する場合、ゲストOS上の操作で手動またはスケジューラーで再起動を実行しても問題はないでしょうか。

ゲストOS上でシャットダウン、再起動等の操作を行われますと、ゲストOSと仮想基盤側のステータス情報で不整合が生じる場合がございます。
以上の理由から、シャットダウン、再起動等の操作はカスタマーポータル上から実施いただきますようお願い致します。
手順としては、対象仮想サーバーを選択し、「Reboot」ボタンを押下いただきますと、OSの再起動を実施いただけます。

また、仮想サーバーの再起動を行う際には、同様にカスタマーポータル上から、シャットダウン(Shutdown) ⇒パワーオフ(Power Off)⇒パワーオン(Power On)の順番に操作いただければ実施いただくことが可能です。